|
|
import argparse |
|
|
import os |
|
|
import warnings |
|
|
parser = argparse.ArgumentParser() |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
parser.add_argument("--data", default=None, type=str, choices=["kits", "pancreas", "lits", "colon"]) |
|
|
parser.add_argument("--save_dir", default="./implementation/", type=str) |
|
|
parser.add_argument("--data_dir", default="", type=str) |
|
|
parser.add_argument("--num_workers", default=2, type=int) |
|
|
parser.add_argument("--split", default="train", type=str) |
|
|
parser.add_argument('--use_small_dataset', action="store_true") |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
parser.add_argument('--model_type', type=str, default='vit_b_ori') |
|
|
parser.add_argument("--lr", default=4e-5, type=float) |
|
|
parser.add_argument("--lr_scheduler", default='linear', type=str, choices=["linear", "exp"]) |
|
|
parser.add_argument('--warm_up', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--device", default="cuda:0", type=str) |
|
|
parser.add_argument("--max_epoch", default=200, type=int) |
|
|
parser.add_argument("--image_size", default=128, type=int) |
|
|
parser.add_argument("--batch_size", default=1, type=int) |
|
|
parser.add_argument("--checkpoint", default="best", type=str) |
|
|
parser.add_argument("--checkpoint_sam", default="./checkpoint_sam/sam_vit_b_01ec64.pth", type=str, |
|
|
help='path of pretrained SAM') |
|
|
parser.add_argument("--num_classes", default=2, type=int) |
|
|
parser.add_argument("--tolerance", default=5, type=int) |
|
|
parser.add_argument("--boundary_kernel_size", default=5, type=int, |
|
|
help='an integer for kernel size of avepooling layer for boundary generation') |
|
|
parser.add_argument("--use_pretrain", action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--pretrain_path", default="", type=str) |
|
|
parser.add_argument("--resume", action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--resume_best", action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--ddp", action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--gpu_ids', type=int, nargs='+', default=[0, 1]) |
|
|
parser.add_argument('--accumulation_steps', type=int, default=20) |
|
|
|
|
|
parser.add_argument('--iter_nums', type=int, default=11) |
|
|
parser.add_argument('--num_clicks', type=int, default=50) |
|
|
parser.add_argument('--num_clicks_validation', type=int, default=10) |
|
|
parser.add_argument('--use_box', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--dynamic_box', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--use_scribble', action="store_true") |
|
|
|
|
|
|
|
|
parser.add_argument('--num_multiple_outputs', type=int, default=3) |
|
|
parser.add_argument('--multiple_outputs', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--refine', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--no_detach', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--refine_test', action="store_true") |
|
|
|
|
|
parser.add_argument('--dynamic', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument('--efficient_scribble', action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--use_sam3d_turbo", action="store_true") |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
parser.add_argument("--save_predictions", action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--save_csv", action="store_true") |
|
|
parser.add_argument("--save_test_dir", default='./', type=str) |
|
|
parser.add_argument("--save_name", default='testing_only', type=str) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
def check_and_setup_parser(args): |
|
|
if args.save_name == 'testing_only': |
|
|
warnings.warn("[save_name] (--save_name) should be a real name, currently is for testing purpose (--save_name=testing_only)") |
|
|
|
|
|
|
|
|
args.save_dir = os.path.join(args.save_dir, args.data, args.save_name) |
|
|
if not os.path.exists(args.save_dir): |
|
|
os.makedirs(args.save_dir) |
|
|
|
